北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院始辦學(xué)于1931年，其前身為國(guó)立北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生學(xué)教研室。1952年，全國(guó)高校院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)獨(dú)立建院，1956年更名為北京醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)系。1985年6月更名為北京醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院。2000年北京醫(yī)科大學(xué)與北京大學(xué)合并，組建新的北京大學(xué)，北京醫(yī)科大學(xué)更名為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部，公共衛(wèi)生學(xué)院為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部的一部分。經(jīng)過(guò)90多年的發(fā)展，從當(dāng)初的不足10人，發(fā)展到今天擁有260多名教職工，學(xué)科門類齊全，在校各類學(xué)生近千人的在國(guó)內(nèi)最具實(shí)力的公共衛(wèi)生學(xué)院之一。學(xué)院培養(yǎng)出的本科生、研究生遍布國(guó)內(nèi)外，大多數(shù)成為預(yù)防醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生事業(yè)管理及醫(yī)學(xué)教育等領(lǐng)域的中堅(jiān)和骨干。

北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院設(shè)有十個(gè)系、兩個(gè)研究所、一個(gè)研究中心、一個(gè)研究院共十四個(gè)實(shí)體，即流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系、勞動(dòng)衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學(xué)系、營(yíng)養(yǎng)與食品衛(wèi)生學(xué)系、婦幼衛(wèi)生學(xué)系、毒理學(xué)系、衛(wèi)生政策與管理系、社會(huì)醫(yī)學(xué)與健康教育系、全球衛(wèi)生學(xué)系、衛(wèi)生檢驗(yàn)學(xué)系、生物統(tǒng)計(jì)系、北京大學(xué)兒童青少年衛(wèi)生研究所、北京大學(xué)生育健康研究所、北京大學(xué)中國(guó)衛(wèi)生發(fā)展研究中心、北京大學(xué)首都衛(wèi)生與健康發(fā)展研究院。現(xiàn)有國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)），國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科暨北京市重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)），省部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室5個(gè)（國(guó)家衛(wèi)生健康委生育健康重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥配伍解毒重點(diǎn)研究室、北京市食品安全毒理學(xué)研究與評(píng)價(jià)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、教育部重大疾病流行病學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家衛(wèi)生健康委衛(wèi)生體系改革與治理研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）。學(xué)院有循證醫(yī)學(xué)中心、艾滋病預(yù)防研究中心、營(yíng)養(yǎng)與保健食品評(píng)價(jià)中心、預(yù)防醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、北京大學(xué)衛(wèi)生應(yīng)急管理中心、老年健康服務(wù)研究中心、藥品上市后安全性研究中心等多個(gè)聯(lián)合研究中心。截至2024年3月31日，我院有各類人員259人，在編教職工189人，全職博導(dǎo)98人（學(xué)科112）。其中，正高（教師）52人，副高（教師）72人，講師、助理研究員（教師）23人，教輔27人，行政管理人員15人，在站博士后40人，非事業(yè)編制人員30人。在校本科生417人，學(xué)術(shù)學(xué)位碩士生197人，專業(yè)學(xué)生碩士生191人，統(tǒng)招博士342人，合計(jì)各類在校學(xué)生1147人。

公共衛(wèi)生學(xué)院現(xiàn)設(shè)有預(yù)防醫(yī)學(xué)本科專業(yè)，2001年起經(jīng)國(guó)家教育部批準(zhǔn)，試辦預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)長(zhǎng)學(xué)制教育，學(xué)制七年，第六年起進(jìn)入二級(jí)學(xué)科培養(yǎng)，畢業(yè)后授予碩士學(xué)位。學(xué)院有流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)、勞動(dòng)衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學(xué)、營(yíng)養(yǎng)與食品衛(wèi)生學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)、衛(wèi)生毒理學(xué)、全球衛(wèi)生學(xué)、社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理七個(gè)二級(jí)學(xué)科專業(yè)培養(yǎng)碩士和博士研究生。學(xué)院有公共衛(wèi)生和預(yù)防醫(yī)學(xué)博士后科研流動(dòng)站，可以接受各個(gè)學(xué)科畢業(yè)博士生進(jìn)站從事科研工作。2003年開始招收公共衛(wèi)生碩士(MPH)。2009年面向應(yīng)屆本科畢業(yè)生招收全日制公共衛(wèi)生專業(yè)學(xué)位碩士研究生，作為教育部研究生專業(yè)學(xué)位教育綜合改革試點(diǎn)單位之一，實(shí)踐與探索全日制MPH培養(yǎng)模式。2015年作為教育部批準(zhǔn)的深化專業(yè)學(xué)位研究生教育綜合改革首批試點(diǎn)單位之一，學(xué)院積極探索開展了公共衛(wèi)生博士專業(yè)學(xué)位（DrPH）的人才培養(yǎng)。公共衛(wèi)生博士專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)旨在將公共衛(wèi)生領(lǐng)域的博士研究生培養(yǎng)成為公共衛(wèi)生政策制定、公共衛(wèi)生實(shí)踐、公共衛(wèi)生科學(xué)研究，以及從事公共衛(wèi)生教學(xué)的高級(jí)專門人才。為加強(qiáng)實(shí)踐教學(xué)，學(xué)院在北京、青島、深圳等國(guó)內(nèi)多地建立了27個(gè)預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)實(shí)踐教學(xué)基地，在非洲馬拉維和亞洲緬甸建立2個(gè)國(guó)外教學(xué)科研基地，已經(jīng)連續(xù)15年圓滿完成長(zhǎng)學(xué)制學(xué)生在基地的專業(yè)實(shí)踐培訓(xùn)。

近年來(lái)，公共衛(wèi)生學(xué)院承擔(dān)科技部重大研發(fā)專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金、部委基金和國(guó)際合作等科研項(xiàng)目200余項(xiàng)。獲各類科研成果獎(jiǎng)50多項(xiàng)。其科學(xué)研究和教育水平在國(guó)內(nèi)公共衛(wèi)生領(lǐng)域處于領(lǐng)先地位。公共衛(wèi)生學(xué)院在教學(xué)和科研方面與世界衛(wèi)生組織(WHO)、聯(lián)合國(guó)兒童基金會(huì)(UNICEF)、美國(guó)疾病控制中心(CDC)、美國(guó)中華醫(yī)學(xué)基金會(huì)(CMB)等國(guó)際組織保持良好合作關(guān)系，并與美國(guó)哈佛大學(xué)、耶魯大學(xué)、約翰·霍普金斯大學(xué)、杜克大學(xué)、北卡大學(xué)、密西根大學(xué)，英國(guó)熱帶病學(xué)院，澳大利亞悉尼大學(xué)、拉籌伯大學(xué)、格里非斯大學(xué)，新西蘭奧克蘭大學(xué)，韓國(guó)漢城大學(xué)、延世大學(xué)，日本東京大學(xué)、大阪大學(xué)，香港中文大學(xué)等境外大學(xué)建立了良好的交流和合作關(guān)系。