物流工程學院由機械工程系、電氣自動化系、工業工程系、中荷機電工程學院（中荷機電工程系）、產教融合中心、機械工程實驗中心和電氣自動化實驗中心組成。

學院現有電氣工程博士后流動站，電氣工程一級學科博士點，工業工程二級學科博士點，機械工程、電氣工程和控制科學與工程3個一級學科碩士點，管理科學與工程一級學科下自設人工智能系統與應用二級學科碩士點，機械（機械工程）、能源動力（電氣工程）和工程管理（物流工程與管理）3個工程碩士專業學位領域，以及機械設計制造及其自動化、機械電子工程（物流裝備控制與安全）、電氣工程及其自動化、自動化、測控技術與儀器、工業工程、物流工程、機械電子工程（中荷合作）和電氣工程與智能控制（中荷合作）等9個本科專業。學院參與上海海事大學高峰學科“管理科學與工程（物流工程與管理）”——“港航物流系統智能化與綠色化”特色研究方向建設，并且參與上海高水平地方高校創新團隊“管理科學與工程”——“先進物流裝備管理與工程”方向重點創新團隊的建設。機械設計制造及其自動化專業列入教育部“卓越工程師教育培養計劃”，并且通過中國工程教育認證；物流工程、工業工程、機械設計制造及其自動化3個專業獲評國家級一流本科專業建設點；電氣工程及其自動化、機械電子工程（物流裝備控制與安全）個專業獲評上海市級一流本科專業建設點；工業工程專業實踐教學研究虛擬教研室獲批全國性虛擬教研室，這是我校第一個教學研究改革專題類全國性虛擬教研室；智慧港口裝備虛擬教研室獲批上海市首批市級虛擬教研室建設試點。

學院現有教職員工179名，專任教師134名，其中正高級職稱18名，副高級職稱47名。學院師資力量雄厚，匯聚了一批在相關行業領域解決行業重大攻關難題的專家和在學術領域做出創新性研究成果和貢獻的學者，包括上海市多項人才計劃等40余人次。

學院先后獲得國家科技進步獎二等獎1項， 國家級學會獎20余項，省部級科技成果獎20余項。承擔國家863項目、國家自然科學基金重點基金、國家科技部-國家重點研發計劃等課題72項，政府及企事業單位委托的科研總經費達3.4億元。發表學術論文2200余篇，其中SCI、EI檢索收錄1000余篇。國家專利授權170余項，其中發明專利授權80余項。學院自主研發的NetCMAS-起重機械監評系統及信息物理平臺通過工業4.0合規性評估，這也是國內頒發的第一張歐盟工業控制系統安全等級合規認證書。形成了一系列國家級和省部級科研成果，為工業界解決了許多應用難題，在相應的學科領域和工業界里享有良好的聲譽。學院與上海國際港務集團、振華重工集團、上汽集團、德國TUV、等許多國內外著名企業有著長期密切的產學研合作關系，與法國南特大學、法國海軍學院、波蘭格丁尼亞海事大學等有著廣泛的科研合作。

圍繞特色學科發展需求，學院已建成一批先進的教學、科研平臺和高水平實驗室，包括“現代港口物流”國家級實驗教學示范中心和“現代港口物流”國家級虛擬仿真實驗中心；集裝箱供應鏈技術教育部工程研究中心、上海“智能海事搜救與水下機器人”工程技術研究中心、上海“港口與海洋重裝備安全”工程技術研究中心、電力傳動與控制研究所、機械工程設計研究所、港機與海洋工程裝備檢測中心、波浪補償實驗室、“上海海事大學-施耐德電氣聯合實驗室”、“上海海事大學-美國德州儀器數字信號處理方案聯合實驗室”、“海大-漢德港機和海洋工程裝備聯合實驗室”、海上清潔能源電力系統實驗室、工業4.0實驗室等。學院還擁有“上海海事大學-上海汽車集團股份有限公司乘用車分公司”工程實踐教育中心和“上海海事大學-上海振華重工（集團）股份有限公司”工程實踐教育中心兩個國家級工程實踐中心，以及“現代港口物流”國家級實驗教學示范中心和“現代港口物流”國家級虛擬仿真實驗中心，這些國家級實踐平臺現已發展成為學生實踐和創新培養的核心支撐機構。在為工業界科技服務的過程中，學院也形成了一批面向工程應用的實踐基地，現有研究生實習實踐基地60余個，其中國家級基地1個，校級基地7個，院級基地50余個，為研究生實踐能力的培養提供了充分的保障。

近年來培養學生獲“機械創新設計大賽”“智能汽車競賽”“大學生電子設計競賽”“物聯網設計競賽”“中國智能制造挑戰賽”“工業工程類專業課程設計大賽”等全國大學生比賽一等獎榮譽。大學生創新創業訓練計劃項目立項達600余項，其中國家級26項。

學院擁有中外合作辦學機構----中荷機電工程學院。2006年經教育部批準，上海海事大學與荷蘭澤蘭德大學聯合舉辦國際合作辦學項目，包括“電氣工程與智能控制（中荷合作）”以及“機械電子工程（中荷合作）”兩個本科專業。學院主動適應新時期“一帶一路”建設對教育對外開放的要求，積極開拓與“一帶一路”沿線國家和沿海國家的高等教育合作，與數十所大學建立了交流與合作關系。

學院秉承“格物致知，知行合一，自強不息，厚德載物”的教育理念，堅持港航和物流學科特色，面向長三角一體化、上海國際科創中心、上海國際航運中心和上海臨港國際制造中心等區域戰略發展目標，以工業4.0與智能制造2025、智慧港口、工業互聯網等為應用背景，開展智能制造、物流裝備健康診斷、船舶電力推進等研究，著力提升我國港航物流裝備領域的技術原創能力和核心競爭力，為國家大型港口、航運、物流以及相關企業提供人才支持和技術支撐，為海上絲綢之路保駕護航。