1986年南充師范學院地理系創建。1996年12月四川省教委、四川省國土局批準成立了國土管理學院；2003年9月更名為國土資源學院。隨著時代需求的變化、學院事業的發展及服務地方的需要，學院回歸初心、回歸本源、回歸學科，2021年6月更名為地理科學學院。全院現有教職工70余人，其中教授近20人，副教授近30人，享受政府特殊津貼專家1人，專任教師中具有博士學位的教師占教師總數的60%以上；聘有中國科學院院士、國家“萬人計劃”領軍人才等專家10余名。三十余載，從地理系到地理科學學院薪火相傳，已經成為特色鮮明、具有一定區域影響力的人才培養基地。

學院現有地理科學、人文地理與城鄉規劃、地理信息科學、測繪工程4個本科專業，招收地理學一級學科、水土保持與荒漠化防治二級學科的學術型碩士研究生，招生學科教學（地理）專業型碩士研究生。

2000年學院被批準為四川省地理科學本科人才培養基地。2008年地理科學專業被批準為四川省特色專業，2010年被批準為國家級特色專業，2019年被批準為省級一流本科專業。2017年地理信息科學專業被批準為四川省首批普通本科高校應用型示范專業。《環境保護》《水文學》《人文地理學》先后獲批四川省精品課程和重點課程，《遙感導論》《數字高程模型原理及應用》獲批四川省首批地方普通本科高校應用型示范課程。2021年《人文地理學》獲批省級一流課程。

2009年丘陵地區國土資源統籌利用工程實驗室獲批四川省高校重點實驗室，資源與環境信息系統實驗教學示范中心獲批省級實驗教學示范中心；2015年資源與環境虛擬仿真實驗教學中心獲批省級虛擬仿真實驗教學中心。2019年四川省干旱河谷土壤侵蝕監測與控制工程實驗室獲批立項建設，并與喜德縣人民政府共同建設大小涼山干旱河谷土壤侵蝕與生態修復野外科學觀測研究站。

學院堅持以面向世界科技前沿、面向經濟主戰場，面向國家重大需求、面向人民生命健康為導向，以青藏高原東緣干旱河谷區、嘉陵江流域為重點研究區域，服務于長江上游生態安全屏障、成渝雙城經濟圈建設，組建了土地退化、地理信息、流域環境、鄉村地理四個方向的科研團隊。2017年“干熱河谷溝谷侵蝕與控制”獲批四川省高校科研創新團隊。先后承擔國家自然科學基金、國家社科基金、教育部、四川省科技廳等各類縱向科研項目，承擔地方政府委托的國土空間規劃、國土整治規劃設計、國土資源調查與測繪、旅游資源調查、旅游規劃、行業和部門的“十四五”發展規劃、生態環境保護等領域科技服務項目多項；在Chinese Science Bulletin,Science China-Earth Sciences,International Soil and Water Conservation Research,Catena,Agriculture Ecosystems & Environment,Geomorphology,Environmental Pollution,ISPRS International Journal of Geo-Information,Sustainability,《中國軟科學》《地理學報》《地理研究》《地理科學》《經濟地理》《人文地理》《生態學報》《自然資源學報》《自然災害學報》《地震學報》《水土保持學報》《土壤學報》等國內外主流刊物上發表研究論文逾60篇；出版著作10余部，研究成果獲得省部級科技進步獎、國土資源部優秀成果獎、省級優秀教學成果獎等榮譽。