1979年，學(xué)校成立系統(tǒng)工程系（自動(dòng)化系）和系統(tǒng)工程研究所，這是國(guó)內(nèi)最早成立的系統(tǒng)科學(xué)與系統(tǒng)工程的教學(xué)與科研機(jī)構(gòu)。著名科學(xué)家錢(qián)學(xué)森專程到校考察系統(tǒng)工程本科專業(yè)學(xué)生培養(yǎng)工作，并在系統(tǒng)工程研究所成立大會(huì)上發(fā)表講話。同年，與美國(guó)麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院正式簽訂校際合作協(xié)議，這是改革開(kāi)放后上海市最早的中外合作辦學(xué)項(xiàng)目。

1981年，與美國(guó)麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院等高校合作，開(kāi)始舉辦全英文授課碩士班。1983年，美國(guó)《華爾街日?qǐng)?bào)》發(fā)表專題報(bào)道，認(rèn)為“此舉開(kāi)創(chuàng)了中國(guó)MBA教育的先河”。

1992年，系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所合并成立系統(tǒng)科學(xué)與系統(tǒng)工程學(xué)院。1999年，更名為管理學(xué)院。2004年，上海醫(yī)療器械高等專科學(xué)校管理系劃歸管理學(xué)院。2005年，由中國(guó)科學(xué)院系統(tǒng)科學(xué)研究所、上海理工大學(xué)、北京師范大學(xué)合作組建上海系統(tǒng)科學(xué)研究院。錢(qián)學(xué)森親自題詞命名。

學(xué)校商學(xué)院始建于1988年，淵源可追溯到1921年滬江大學(xué)創(chuàng)辦的商業(yè)管理系。1996年，商學(xué)院與上海機(jī)械高等專科學(xué)校的管理工程系合并重組成立新的商學(xué)院。

2006年，管理學(xué)院與商學(xué)院、工商管理MBA教育中心合并重組成立新的管理學(xué)院。2009年，學(xué)校城市建設(shè)與環(huán)境工程學(xué)院交通工程系劃轉(zhuǎn)至管理學(xué)院。

2018年5月，學(xué)院正式通過(guò)AACSB（The Association to Advance Collegiate Schools of Business,簡(jiǎn)稱AACSB）國(guó)際認(rèn)證，學(xué)校成為大陸地區(qū)第20所、上海市第6所通過(guò)AACSB國(guó)際認(rèn)證的大學(xué)，也是非教育部高校中首個(gè)通過(guò)AACSB國(guó)際認(rèn)證的大學(xué)，標(biāo)志著學(xué)院進(jìn)入國(guó)際精英商學(xué)院序列。2020年12月，學(xué)院成為EFMD正式會(huì)員。2021年12月，學(xué)院正式加入聯(lián)合國(guó)全球契約組織“責(zé)任管理教育原則”（The Principles for Responsible Management Education,簡(jiǎn)稱PRME），成為中國(guó)（含港澳臺(tái)地區(qū)）第28所簽署高校。

學(xué)院下設(shè)10個(gè)系和2個(gè)中心：信息管理與信息系統(tǒng)系、工業(yè)工程系、會(huì)計(jì)系、工商管理系、公共管理系、財(cái)政稅務(wù)系、金融系、國(guó)際經(jīng)濟(jì)與貿(mào)易系、系統(tǒng)科學(xué)系、交通系統(tǒng)工程系，專業(yè)學(xué)位教育中心、高級(jí)管理者培訓(xùn)與發(fā)展中心。另設(shè)有上海系統(tǒng)科學(xué)研究院、上海市工程管理學(xué)會(huì)、上海市人民政府發(fā)展研究中心——上海理工大學(xué)“基于互聯(lián)網(wǎng)+的上海創(chuàng)新發(fā)展”決策咨詢研究基地、中國(guó)周邊經(jīng)濟(jì)研究中心、“十四五”上海民政科研基地（民政事業(yè)殯葬研究方向）、上海理工大學(xué)智慧應(yīng)急管理學(xué)院、上海理工大學(xué)智慧城市交通研究院、上海理工大學(xué)電子商務(wù)發(fā)展研究院、上海理工大學(xué)滬江產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究所、上海理工大學(xué)區(qū)域規(guī)劃與交通運(yùn)輸系統(tǒng)研究所、上海理工大學(xué)中小銀行研究中心、上海理工大學(xué)財(cái)政金融研究院、上海理工大學(xué)人機(jī)集成聯(lián)合研究中心、上海理工大學(xué)超網(wǎng)絡(luò)研究中心等研究機(jī)構(gòu)。

學(xué)院已實(shí)現(xiàn)多類型、多層次辦學(xué)模式。學(xué)科涉及四個(gè)學(xué)科門(mén)類：管理學(xué)門(mén)類下的管理科學(xué)與工程、工商管理、公共管理3個(gè)學(xué)科；經(jīng)濟(jì)學(xué)門(mén)類下的應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)1個(gè)學(xué)科；理學(xué)門(mén)類下的系統(tǒng)科學(xué)1個(gè)學(xué)科；工學(xué)門(mén)類下的交通運(yùn)輸工程、系統(tǒng)工程2個(gè)學(xué)科。

學(xué)院設(shè)有12個(gè)本科專業(yè)：信息管理與信息系統(tǒng)、管理科學(xué)、工業(yè)工程、工商管理（中美合作）、會(huì)計(jì)學(xué)、公共事業(yè)管理、金融學(xué)、稅收學(xué)、國(guó)際經(jīng)濟(jì)與貿(mào)易、人工智能、交通工程、系統(tǒng)科學(xué)與工程；一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)2個(gè)：管理科學(xué)與工程、系統(tǒng)科學(xué)；一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)6個(gè)：管理科學(xué)與工程、系統(tǒng)科學(xué)、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、公共管理、工商管理、交通運(yùn)輸工程；碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)11個(gè)：工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國(guó)際商務(wù)碩士、金融碩士、會(huì)計(jì)碩士、稅務(wù)碩士、交通運(yùn)輸碩士、工業(yè)工程與管理、項(xiàng)目管理、物流工程與管理；博士后科研流動(dòng)站2個(gè)：管理科學(xué)與工程，系統(tǒng)科學(xué)。其中系統(tǒng)科學(xué)、管理科學(xué)與工程是上海市高水平學(xué)科，應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)（經(jīng)濟(jì)系統(tǒng)運(yùn)行與控制）是上海市教委重點(diǎn)學(xué)科。在全國(guó)高校第四輪學(xué)科評(píng)估中“系統(tǒng)科學(xué)”排名第3，“管理科學(xué)與工程”排名第19。在全國(guó)第五輪學(xué)科評(píng)估中，“系統(tǒng)科學(xué)”取得歷史性突破，進(jìn)入國(guó)家第一梯隊(duì)，“管理科學(xué)與工程”繼續(xù)保持領(lǐng)先優(yōu)勢(shì)。

目前學(xué)院有教職工307人，專任教師232人，其中國(guó)務(wù)院學(xué)科評(píng)議組成員2人，國(guó)家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年基金1人，教育部高等學(xué)校管理科學(xué)與工程類專業(yè)教指委委員2人，全國(guó)優(yōu)秀教師1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃2人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠(chéng)育才獎(jiǎng)1人，寶鋼優(yōu)秀教師2人，上海市青年拔尖人才1人，上海市領(lǐng)軍人才2人，上海領(lǐng)軍（海外）3人，上海市教育委員會(huì)曙光計(jì)劃5人，上海市教育系統(tǒng)首屆科研新星1人，上海市浦江人才計(jì)劃15人，上海市育才獎(jiǎng)2人，上海市青年科技啟明星計(jì)劃2人，上海市晨光計(jì)劃2人，上海市揚(yáng)帆計(jì)劃5人，上海市超級(jí)博士后3人，科技智庫(kù)青年人才計(jì)劃2人。全院具有正高級(jí)職稱人員34人，副高級(jí)職稱103人，具有博士學(xué)位236人。

近三年，學(xué)院獲批立項(xiàng)國(guó)家級(jí)項(xiàng)目39項(xiàng)，其中國(guó)家自科基金項(xiàng)目29項(xiàng)，國(guó)家社科基金項(xiàng)目10項(xiàng)，各類科研項(xiàng)目到款4617萬(wàn)元；發(fā)表A類論文920篇，SCI/SSCI論文538篇；有190多份咨詢報(bào)告被全國(guó)政協(xié)、中辦、中宣部、上海市委市政府等采納，并獲國(guó)家領(lǐng)導(dǎo)人、上海市領(lǐng)導(dǎo)等批示；出版專著35部、編著44部；完成發(fā)明專利41項(xiàng)；完成軟件著作權(quán)35項(xiàng)。

學(xué)院現(xiàn)有1個(gè)本科中美合作辦學(xué)項(xiàng)目。與美國(guó)威斯康辛大學(xué)、法國(guó)布雷斯特商學(xué)院、美國(guó)新澤西州立羅格斯肯頓商學(xué)院、澳大利亞科廷大學(xué)、新加坡管理學(xué)院簽訂了合作協(xié)議，每年邀請(qǐng)大量外籍教師來(lái)院為合作辦學(xué)項(xiàng)目授課和講學(xué)，選派大量學(xué)生赴境外學(xué)習(xí)交流，接收了來(lái)自瑞典、德國(guó)、美國(guó)等國(guó)家的國(guó)際交流生百余人來(lái)院學(xué)習(xí)。