揚州大學獸醫學院（比較醫學研究院）具有悠久的辦學歷史，最早可追朔到1902年由我國愛國實業家張謇創建的通海農學堂，1952年在揚州組建而成蘇北農學院畜牧獸醫系。追溯歷史，已經歷了近120年的演變和發展過程，在揚州辦學也有近70年。1992年，江蘇農學院等駐揚7所院校合并成立了揚州大學，該系更名為揚州大學農學院畜牧獸醫系，1994年該系分設成動物科學系和動物醫學系，1998年揚州大學依據學科群將動物科學系和動物醫學系兩系從農學院中劃出，組建為揚州大學畜牧獸醫學院，2003年12月揚州大學進行機構改革和院系調整，將畜牧獸醫學院分設成動物科學與技術學院和獸醫學院，揚州大學獸醫學院正式成立。揚州大學比較醫學研究院于2016年4月成立，掛靠在揚州大學獸醫學院。

　　學院現有教職工153人，其中專任教師113人。在專任教師中，有中國工程院院士1人,國家千人1人,國家“杰青”獲得者3人，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選3人，教授41人、副教授33人，博士生導師45人、碩士生導師118人。有1人被評為“全國模范教師”，2人獲“國家級有突出貢獻的中青年專家”稱號，3人享受政府特殊津貼，青年教師中有教育部青年骨干教師、江蘇省“333工程”培養對象、江蘇省特聘教授、江蘇省優秀青年骨干教師、江蘇省“青藍工程”學術帶頭人、江蘇省優秀青年科技工作者等。

　　學院現有在校生1406人，其中全日制博士研究生154人，全日制碩士研究生540人，在站博士后45名，本科生712人。近年來，畢業生就業率均在100％。學院培養的畢業生分布在全國各地及美國、加拿大、英國、德國、瑞典、荷蘭、愛爾蘭、挪威、澳大利亞、日本、韓國、尼日利亞、孟加拉、坦桑尼亞等國家。多年來，學院為江蘇省乃至全國培養了一大批動物醫學專業的高層次專業技術人才，畢業生中有中國工程院院士、國家級有突出貢獻的中青年專家、教授、學者，有全國優秀教師、先進工作者，有業績突出的優秀中青年企業家和省、市、縣的黨政領導人，他們在各自的崗位上取得了顯著的成績，成為我國獸醫行業的中堅力量。

　　學院現有獸醫學一級學科博士學位授予權，設基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、獸醫生物信息學、人獸共患病學、獸醫公共衛生、實驗動物學與比較醫學等7個二級學科博士學位授權點，有動物學、微生物學、基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、獸醫公共衛生、人獸共患病學、獸醫生物信息學、實驗動物學與比較醫學等碩士學位授權點，有獸醫博士、獸醫碩士專業學位授予權，并設有獸醫學博士后流動站。預防獸醫學為國家、農業部重點學科，獸醫學為江蘇省重點一級學科（覆蓋基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學三個二級學科）、江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點、江蘇高校優勢學科建設工程建設學科，微生物學和動物學為揚州大學重點學科。擁有江蘇省產學研聯合培養研究生示范基地。傳染病學與預防獸醫學學科被教育部、科技部聯合表彰為“全國高等學校先進科技集體”，預防獸醫學學科被人事部、教育部授予“全國教育系統先進集體”榮譽稱號，動物疫病研究創新團隊被評為教育部“長江學者和創新團隊發展計劃”創新團隊，預防獸醫學創新團隊被評為江蘇省“青藍工程”科技創新團隊。學院設有農業部畜禽傳染病學重點開放實驗室、教育部禽類預防醫學省部共建重點實驗室、江蘇省動物預防醫學重點實驗室、江蘇省人獸共患病學重點實驗室、教育部新型獸用疫苗工程研究中心、江蘇省轉基因動物制藥工程研究中心和江蘇省實驗動物種子供應站。獸醫藥理及毒理學實驗室被農業部確定為4個全國新獸藥特殊毒性試驗單位之一，學院被農業部確定為飼料和飼料添加劑安全性評價機構。2000年基礎實驗室通過省級評估，2001年動物醫學專業實驗室也以優良成績通過學校的評估。根據教育部學位與研究生教育發展中心公布的第四輪學科評估結果，我院獸醫學科與華南農業大學并列第三，進入A類；在中國校友會網公布的《中國大學農學頂尖專業排行榜》中，我院動物醫學專業入選中國7星級專業，躋身中國頂尖專業名單。

　　學院設動物醫學、動植物檢疫和實驗動物學等三個本科專業，面向江蘇省及全國多個省市招生。動物醫學專業2005年被確定為江蘇省第一批品牌專業，2007年被教育部確定為全國高等學校特色專業建設點、獸醫人才培養模式創新實驗區。2009年動物醫學實驗教學中心被確定為江蘇省實驗教學示范中心建設點并于2012年通過驗收，2012年被確定為江蘇省“十二五”高等學校重點專業，2014年獲批教育部、農業部卓越農林人才培養計劃試點項目（拔尖創新型），2015入選江蘇高校品牌專業建設工程一期項目。2019年動物醫學專業入選國家一流專業建設點。長期以來，動物醫學及動植物檢疫專業以國家級、省級重點學科為依托，建有完整的國家級、省級和校級精品課程體系，擁有一支高水平師資隊伍，取得了一批重要的教學科研成果，《動物傳染病學》、《獸醫微生物學》兩門課程被評為國家精品課程、國家精品課程共享課，并入選國家一流課程。動物醫學專業、獸醫人才培養模式創新實驗區被列為教育部“質量工程”建設項目。

　　學院重視科研工作。學院擁有江蘇高校動物重要疫病與人獸共患病防控協同創新中心。近年來，有100余項成果分獲國家、部、省、廳級獎勵。在世界上率先發現小鵝瘟、兔瘟等病毒，并研制出疫苗；與中科院共同完成的“轉基因山羊體細胞克隆山羊”成果被評為1999年中國基礎科學研究十大新聞之首；“雞傳染性法氏囊病中等毒力活疫苗（NF8株）的研制”成果榮獲國家科技進步二等獎、江蘇省科技進步一等獎；“H9亞型低致病性禽流感疫苗”獲江蘇省科技進步一等獎；重組新城疫病毒（A-Ⅶ株）滅活疫苗獲國家一類新獸藥注冊證書；有3篇博士學位論文被評為全國百篇優秀博士學位論文，有多篇學位論文被評為江蘇省優秀博士、碩士學位論文、全國獸醫專業學位優秀碩士學位論文。目前，我院教師承擔了國家863、973、國家自然科學基金、“十三五”國家重點研發計劃、國家成果重點推廣計劃、中科院創新基金、科技部農業科技成果轉化、省自然科學基金、省高技術研究、省應用基礎研究、省“十五”攻關以及橫向合作研究等科研課題，年到賬經費約5000萬元。學院畜禽重要疫病流行規律和防控新技術、動物疫病病原體致病與免疫機理、人獸共患病與食品安全、動物營養代謝病和中毒病防控新技術、動物轉基因制藥與比較醫學等方面形成了特色鮮明的學科研究方向，并與美國、英國、法國、德國、日本、澳大利亞、加拿大等國內外高等學校、科研機構建立了廣泛的科研合作關系。

　　學院堅持走“產學研”相結合的道路。學院附設揚州大學動物醫院、江蘇省實驗動物種子供應站和江蘇省轉基因動物制藥工程研究中心等教學、科研及成果轉化基地。長期以來，我院始終堅持教學與生產相結合，理論與實踐相結合，科研開發與服務社會相結合。自已故方定一教授在國際上第一個發現并分離出“小鵝瘟病毒”（比匈牙利早6年），研制成疫苗在全國推廣應用之后；又先后發現“兔瘟和鵝副粘病毒病”、“重組新城疫病毒（A-Ⅶ株）滅活疫苗”等，并研制成疫苗在生產實際中推廣使用，取得了很好的社會效益和經濟效益。近幾年來學院有多項成果獲得新獸藥證書。

　　多年來，學院以“建一流學科，育一流人才，出一流成果，辦一流學院”為己任，不斷轉變教育思想，更新教育觀念，提升辦學層次，提高人才質量，為實施“科教興國”戰略，振興祖國的獸醫事業，作出了巨大的貢獻。